菏泽市牡丹区卫生职业中等专业学校始建于1978年。2023年9月，牡丹区职业中等专业学校、牡丹区卫生职业中等专业学校合并到菏泽工程技师学院。
学院占地 450亩,建筑面积23 万平方米,全日制在校生 16000 余人,每年培训各层次、各工种高技能人才达3000余人，办学规模和质量位于全省技工院校前列。学院分教学区、实习实训区、运动区、休闲区、生活服务区,功能齐全,布局合理。学院内建有校园网,无线WiFi全覆盖,建有高标准的智慧教室、电子阅览室、图书阅览室。教室、学生宿舍、餐厅都安装了中央冷暖空调，每间宿舍都有独立的洗刷间、卫生间和阳台，并配有大型洗浴中心。
学院师资力量雄厚,现有教职工 650多人,其中正高级教师 28 人,高级教师 155人,专任教师 590人,95% 具有本科以上学历,90% 以上具有高级工、技师、高级技师等职业资格,专业理论和操作技能水平一流。
学院现设有汽车工程系、智能制造工程系、电气工程与自动化系、信息工程系、商务贸易系、餐旅服务系、卫生健康系、学前教育系、艺术设计系、医药化工系、职教高考系、思政教育部、基础教学部等13个教学系部。
学院 3+2高级班开设焊接机器人、数控加工、汽车维修、新能源汽车检测与维修、机电·体化技术、工业机器人应用与维护、无人机应用技术、计算机应用与维修、人工智能技术应用、计算机网络应用、电子商务、会计、全媒体运营与直播、供应链运营、烹饪、中西式面点、幼儿教育、多媒体制作、室内设计、平面设计、护理、生物化工等22个专业。
中专班开设机电设备维修与管理、工业机器人技术应用、电子商务、会计事务、航空服务、舞蹈表演、服装设计与工艺、动漫影视制作、康复技术、护理、分析检验技术、化工仪表及自动化等12个专业。
职教高考系开设汽车制造与检测、机械制造技术、机电技术应用、计算机网络技术、软件与信息服务、电子商务、数字媒体、会计事务、幼儿保育、艺术设计与制作、护理、化学工艺等12个专业。
学生毕业后颁发高级班毕业证、高级技能等级证。根据办发[2019]9号文件规定,技工院校取得相应等级职业资格(职业技能等级)证书的中级工班、高级工班、预备技师班毕业生在应征入伍、参加公务员招考、专业技术职称评审、执业资格考试、企事业单位招聘、“三支一扶”招募、确定工资起点标准、就业创业扶持等方面,分别按照中专、大专、本科毕业生享受相关待遇。
长期以来，学校坚持以服务为宗旨、以就业为导向的办学指导思想，坚持"双元制"教学模式，不断深化教育教学改革，形成了重实践、重技能培养的办学特色。学校坚持以人为本、科学发展、求真务实、开拓创新，朝着综合性、有特色、开放型、高水平骨干职业学校的目标奋进。
多年来，学校以开放的教育为经济建设服务，为社会和高校输送了数万名高素质的劳动者和高技能人才。因办学成绩显著，上级领导多次来校视察，对学校的办学成绩予以充分肯定。